琴(法米克·詹森 Famke Janssen 飾)的死亡在X戰警中造成了持續的影響,斯科特和金剛狼羅根(休•傑克曼 Hugh Jackman 飾)恍然若失。學院的教學任務落在了風暴女(哈莉•貝瑞 Halle Berry 飾)和金剛狼等人的肩上,異種人在這裏才能得到身份的認同。某公司從一名異種人兒童的基因中提取出了還原變異的X基因的“解藥”,可以令異種人的身體與常人無異,解藥的問世在異種人中引起了強烈反響,萬磁王(伊安•麥克萊恩 Ian McKellen 飾)四處聯系不願改變體質的異種人,試圖用暴力反抗人類社會的不公平待遇。金剛狼等人發現琴並為死去,而且她被喚醒的第二重人格擁有極為強大的力量,教授(帕特裏克•斯圖爾特 Patrick Stewart 飾)和萬磁王各自爭取琴,她成為了改變異種人世界的關鍵人物……