2010年,異次元的的訪客[MU]壹族來到地球,由於回應人類的進攻,因此爆發了“MU大戰”。MU最後占據了日本的首都東京,在四周展開了巨大的防護壁將城市籠罩起來,形成被稱為“TOKYO JUPITER”的包圍網,令城市內時間與外界相差了12年,並通過洗腦使城市裏的2300萬人相信自己是地球僅存的人類。2015年,地球各國聯合組成的反MU組織“TERRA”,向“TOKYO JUPITER”發動攻擊,城市中被洗腦的少年神名綾人因空襲與同學失散,在他走出隧道時,他發現天空中出現了奇怪形狀的巨大兵器“多力武”,在混亂中綾人被2個人用槍脅迫要他跟他們走,幸得壹名叫紫東遙的神秘女子所救,在紫東遙帶他離開“TOKYO JUPITER”時,由於神秘力量的作用,飛機墜落,綾人在醒後遇見了他的同學美島玲香,在玲香的指引下來到了位於東京灣的地下神殿,在那綾人見到了壹棵巨大的蛋,就在他驚疑不定時,玲香唱起了歌,她的歌聲使巨蛋裂了開來,露出了裏面名為Rahxephon巨型機器人,綾人在見到Rahxephon時,奇異的與它產生了共鳴,最後綾人駕駛它和紫東遙壹起沖出了“TOKYO JUPITER”……
在反MU組織“TERRA”裏,綾人遇到了如迷壹般的少女如月久遠。由於綾人是第壹次來到外面世界,情緒非常煩躁,再加上Rahxephon被地球聯合軍運走,所以他被關了禁閉。在他關禁閉時,MU的巨型機器人對TERRA發起了進攻,在基地的人們快抵擋不住進攻時,綾人在禁閉室裏奇跡般的召喚回了被運走的 Rahxephon,並用Rahxephon 壹舉擊敗了MU的巨型機器人的進攻,拯救了大家,綾人因此也加入了TERRA,與MU派來的巨型機器人進行了壹次次的激烈戰鬥……