過去——被稱為融合癥例的少女，在世界行將終焉之際抓住了奇跡，完成了與永恒之槍Symphogear的適合。
以地球靈長存續之名所執行的人類淘汰——人稱“Frontier事變”的壹連串騷亂，在以歌連通血脈的少女們的活躍之下畫上了終止符，然而新的故事在那之後不久便拉開了帷幕。
將亞宇宙撕開壹條弧線的超音速墜落物體。那是，在拉格朗日點的大氣圈外結束了活動，準備回歸地球的聯合國所屬的航天飛機。
航天飛機陷入系統故障引起的機能不全，這樣下去的話，機體空中分解或是撞擊地表將不可避免，面對這壹緊急事態，各國領導只是在驚慌失措。
曾經兩次將世界從前所未有的危機當中拯救出來的Symphogear裝者們，由於其力量被視作日本政府保有的軍備，即使是人道的救護支援，在國外的活動也無從實現，只得萬不得已地待機。
那之後經過了100多天。
Frontier事變以來，被認定的特異災害“Noise”再未被觀測到，就在知道事件始末的人們都預感到Noise的根絕和受害的停止之時。
在本部觀測監視器的藤堯朔也和友裏葵，確認到了與Noise不同、但近似的反應波形。
地點是橫濱港大棧橋碼頭附近。
在那裏，懷抱小小的盒子，如同逃跑壹般奔馳的黑衣——“廢棄物11號（Elfnein）”的身影被發現。
存在著，毀滅世界的歌曲。
現在，尚無人發覺即將來臨的威脅，在夏季的夜空下，有的只是舞動的紅色粉塵。
