她的親人，只有年紀差別很大的哥哥オズマ一人。オズマ是在特殊軍事部隊“SMS”所屬可變戰機部隊的精銳飛行員。但是為了妹妹著想的オズマ，隱瞞了自己駕駛這麽危險的戰鬥機上的事情。某一天，ランカ最想去的シェリル的演唱會就要進行。同時，遇到了急忙趕往會場途中的受訓飛行員候補的高中生，早乙女アルトと。這時，突然Macross·Frontier與未知的敵人遭遇。而且敵人既不是地球人也不是異星人，而是未知的宇宙生物。新·統合軍正在不斷被擊破。敵人有著威脅新·統合軍VF部隊的強力攻擊能力。宇宙生物侵入了市民們的居住區。為了應對事態發展，オズマ帶領SMS的VF-25部隊出動了。宇宙生物的目的到底是什麽呢？ 人類能否度過這個危機……
