もやしもん》根據作者的說明，是描寫“在農業大學不斷與細菌和病毒戰鬥的人們東跑西竄的故事”。圍繞著被認為在東京的“某農業大學”入學的，能感知到“細菌的存在”這樣不可思議能力的主人公·澤木惣右衛門直保的校園故事。澤木察覺到“細菌”的存在，把細菌以可愛的變形角色在作品中描繪，以這種造型吸引了大量的女性和青年層愛好者。實際上，在作者的網站和BBS上，也表明該作品同樣適合兒童閱讀，因此並沒有面向成人的描寫。作品中大量加入腳註的手法，讓人想起同屬講談社的另一部漫畫《攻殼機動隊》，當然本作的註釋都是有關“菌”的作者記述。
